Fakat, Kırgızlar, kaynaklarda Türk asıllı gösterilmekte ve tahminen 5-6. asırlarda, Türkleşmiş kavimlerden sayılmaktadır. 6. asır sonlarında Çin kaynaklarında Hia-kia-sseu diye zikredilen Kırgızların, Göktürk hakanı Mu-kan zamanında, 560’a doğru, hakanlığa bağlandıktan sonra, 630-680 arasındaki fetret devrinde, müstakil bir “kagan”a sahip olmalarından anlaşılıyor. II. Gök-Türk Hakanlığı devrinde tekrar Gök-Türk idaresine alınan Kırgızlar, Mo-yen-çur Kağan tarafından Uygur Hakanlığı'na bağlanmış (758), fakat 840 yılında şiddetli bir hücumla, Uygur devletini yıkarak, Ötüken’de kendi devletlerini kurmuşlardı.

Ancak orada fazla kalamadılar. 920’de bütün Moğolistan’ı ele geçiren K’i-tanlar (Çin’de Liao sülalesi), Kırgızları Ötüken bölgesinden çıkartıp, eski yurtlarına sürdüler. K’i-tanlar ve devamları olan Kara-Hitayların, Yenisey havalisine kadar sokulamadıkları anlaşılıyor. Cengiz, Moğolistan’ı idaresi altında birleştirmek istediği için, Merkit ve Naymanlarla olan savaşları sırasında, Kırgızları da itaate almıştır (1207) ki, bu suretle Kırgızlar, Cengiz Moğollarına itaat eden “ilk Türk kavmi” oluyorlar. 1217’de Moğollara karşı direnmek istedikleri için, ertesi yıl, Yenisey’i buz üzerinden geçen, Cengiz’in oğlu Coçi tarafından tenkil edilen Kırgızların, artık, “hakan”ları olmamıştır.

Tolui ulusuna dahil edilen iki kısım halinde yaşamaya devam ettiler. Kırgız kavminin, Uygur Hakanlığı’nı yıkarak işgal ettiği Ötüken’de tutunamayıp, buranın Moğol K’i-tanlara geçmesine ve tam idrak ve intibak edemediği “Orhun kültürünün ortadan kalkmasına” sebep olmak, dolayısı ile eski Türk Hakanlar yurdunu, bir daha geri gelmemek üzere Moğollara intikal ettirmek suretiyle, Türk tarihinde oynadığı menfi rol, dikkatten kaçmamıştır. Nitekim Karluklar, Ötüken’de Kırgız hakimiyetini reddetmişlerdir.